şÚÁĎÍř±¬łÔąĎ
Rowan Barrett
Fusionner l’étude de l’évolution avec l’écologie moléculaire, la génomique et la biologie computationnelle
« Ce type de prix destiné aux jeunes chercheuses et chercheurs est extrêmement important et avant-gardiste. Il soutient les chercheurs à un moment crucial de leur carrière en leur confirmant qu’ils prennent de bonnes décisions, à une période où l’on doute souvent des orientations que prennent nos programmes de recherche en pleine croissance », affirme le professeur Rowan Barrett. « Ces prix nous donnent aussi la confiance nécessaire pour poursuivre des projets audacieux, à haut risque mais potentiellement à fort rendement. »
Rowan Barrett est titulaire d’une Chaire de recherche du Canada de niveau 2 en science de la biodiversité.
Rowan Barrett est professeur agrĂ©gĂ© affiliĂ© au MusĂ©e Redpath et au DĂ©partement de biologie, titulaire d’une Chaire de recherche du Canada de niveau 2 en science de la biodiversitĂ© et directeur du Barrett Lab de şÚÁĎÍř±¬łÔąĎ.
Biologiste de l’évolution et spécialiste de la biodiversité, il fusionne l’étude de l’évolution avec l’écologie moléculaire, la génomique et la biologie computationnelle et s’est imposé comme un chef de file dans le nouveau champ de la génomique écologique expérimentale. Les recherches de Barrett produisent des prédictions vérifiables sur la capacité évolutive des populations naturelles à s’adapter à des environnements en mutation, dans un monde où les changements environnementaux rapides représentent une menace majeure pour la biodiversité. La construction de modèles réalistes de « sauvetage évolutif », soit la prévention de l’extinction dans des environnements dégradés par le processus d’adaptation, repose sur la capacité d’établir des liens entre l’environnement, les traits soumis à la sélection naturelle et les bases génétiques de ces traits. Ces découvertes ont des retombées concrètes pour la conservation, l’amélioration des plantes et des animaux, ainsi que pour la médecine.
Les recherches interdisciplinaires de Barrett sont reconnues par les organismes subventionnaires et les principales sociétés savantes en biologie évolutive. Il a reçu la « triple couronne » de distinctions dans son domaine : le prix John Maynard Smith de la European Society for Evolutionary Biology, le Young Investigator Prize de l’American Society for Evolutionary Biology et le prix Dobzhansky de la Society for the Study of Evolution.
« C’est un immense honneur de recevoir ces prix », confie Barrett. « Mes recherches ont exigé énormément de travail, et il est gratifiant de voir ces efforts reconnus par la communauté scientifique en biologie évolutive. J’ai eu la chance de bénéficier d’un soutien exceptionnel tout au long de ce parcours : ma famille, mon groupe de recherche, mes mentors et collaborateurs, mes collègues de département et la Faculté des sciences. Tous ont joué un rôle important dans les réussites scientifiques mises en lumière par ces distinctions. »
Susciter la curiosité chez ses étudiantes et étudiants
Au cours de ses cinq annĂ©es Ă şÚÁĎÍř±¬łÔąĎ, Barrett a encadrĂ© deux chercheuses et chercheurs postdoctoraux, 13 Ă©tudiantes et Ă©tudiants aux cycles supĂ©rieurs et 22 Ă©tudiantes et Ă©tudiants de premier cycle. Ces personnes en formation prĂ©sentent un bilan exceptionnel de productivitĂ©, avec des chapitres de thèse publiĂ©s dans des revues de premier plan dans leur domaine. Dans son approche du mentorat, Barrett souhaite que sa relation avec les personnes qu’il encadre Ă©volue vers une collaboration plutĂ´t qu’une simple supervision. Il cherche Ă cultiver une apprĂ©ciation de l’importance de la recherche fondamentale pour comprendre le fonctionnement du monde naturel.
« Mon objectif est de stimuler la curiosité à l’égard des grandes questions fondamentales de la biologie évolutive et de montrer à quel point il peut être stimulant de tester des hypothèses évolutives dans la nature, où les choses se déroulent rarement comme prévu », explique Barrett.
Les travaux du laboratoire de Barrett combinent diverses approches et systèmes d’étude afin de mieux comprendre la prévisibilité de l’évolution, en intégrant des expériences écologiques de transplantation sur le terrain, la biologie moléculaire, la génomique et la biologie computationnelle. Bien qu’il assume d’importantes responsabilités à titre de directeur de laboratoire, il éprouve un grand plaisir à travailler avec ses étudiantes, étudiants et stagiaires postdoctoraux.
« L’un des aspects les plus agréables de la direction d’un laboratoire est de réfléchir avec mes étudiantes et étudiants à de nouvelles expériences », explique Barrett. « J’adore entendre les idées qu’ils proposent, surtout lorsqu’elles nous poussent à explorer des approches inhabituelles et créatives. »
Apprendre sur les changements climatiques Ă partir des tatouages
Barrett et son groupe de recherche mènent plusieurs nouveaux projets portant sur les réponses évolutives aux changements environnementaux, en utilisant un large éventail de taxons biologiques, tels que les poissons, les oiseaux, les lézards, les souris et les microbes.
L’un de leurs projets les plus novateurs repose sur une collaboration avec le Tattoo Lounge de Montréal. Ils utilisent le microbiome présent dans les piercings cutanés humains comme système modèle pour comprendre comment les communautés biologiques se reconstituent après un changement environnemental majeur. Les pratiques modernes de perçage impliquent une stérilisation locale de la peau avant l’intervention, ce qui agit comme une perturbation environnementale catastrophique éliminant la plupart, sinon la totalité, des microbes. Le perçage de la peau crée ensuite une nouvelle niche écologique, qui diffère de la peau non percée à bien des égards, notamment la température, le pH, l’humidité et l’exposition au vent et aux rayons ultraviolets.
« Nous nous attendons à ce que ces nouvelles conditions favorisent la croissance de microbiomes distincts de ceux de la peau non percée, et nous utilisons des méthodes génomiques pour étudier la manière dont les processus écologiques et évolutifs contribuent à ces différences », explique-t-il.
Marie Manikis
Améliorer la relation entre les populations marginalisées et le système de justice pénale
« Je suis très honorĂ©e et reconnaissante de recevoir ce prix gĂ©nĂ©reux », dĂ©clare la professeure Marie Manikis. « J’ai la chance d’être entourĂ©e de collègues et d’étudiantes et d’étudiants gĂ©nĂ©reux et innovants Ă la FacultĂ© de droit et Ă şÚÁĎÍř±¬łÔąĎ, sans lesquels cette rĂ©alisation n’aurait pas Ă©tĂ© possible. Faire partie de cette communautĂ© dynamique et solidaire a Ă©tĂ© Ă la fois encourageant et inspirant pour mener des initiatives originales en recherche et en enseignement. »
Marie Manikis est professeure adjointe et William Dawson Scholar à la Faculté de droit. Elle enseigne la justice pénale, le droit criminel, la détermination de la peine et la procédure pénale depuis 2013.
Les travaux de la professeure Manikis sont interdisciplinaires et comparatifs, et mobilisent des méthodologies issues des sciences sociales afin de faire progresser les connaissances en droit criminel et en justice pénale. Ses recherches actuelles et futures conçoivent le droit comme un espace qui crée et remet en question les injustices structurelles et examinent l’inclusion et l’exclusion de certaines voix dans les processus juridiques. Dans ses nombreuses publications, Manikis analyse les dynamiques de pouvoir, la marginalisation et la relation entre l’État, les institutions et la citoyenne ou le citoyen, ainsi que les mécanismes permettant de tenir l’État et les institutions responsables en matière de justice pénale.
« J’espère que mes recherches auront un impact sociétal en fournissant aux gouvernements, aux décideurs publics, aux professionnelles et professionnels de la justice pénale, aux communautés et aux citoyennes et citoyens à l’échelle internationale des outils pour progresser vers une plus grande égalité et une participation citoyenne accrue dans le processus de justice pénale, tout en favorisant une transparence et une responsabilisation accrues de l’État », affirme Manikis.
Son article Punishing while Presuming Innocence: A Study on Bail Conditions and Administration of Justice Offences in Quebec, qui explore la relation entre le processus de mise en liberté sous caution et la sanction, a reçu en 2018 le Prix de la Fondation du Barreau pour le meilleur article. Ses travaux ont été cités dans des décisions judiciaires majeures au Canada et au Royaume-Uni portant sur le rôle des victimes dans la détermination de la peine. Elle a été sollicitée par diverses instances judiciaires pour éclairer l’élaboration de lois et de politiques relatives aux droits des victimes et au processus de justice pénale.
Ouvrir de nouvelles voies en enseignement de la justice pénale au Canada
En plus d’être une chercheuse remarquable, Manikis encadre actuellement sept étudiantes et étudiants de premier cycle et supervise les travaux de thèse de cinq étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs. Ses activités de recherche, d’enseignement et de mentorat ont permis à ses étudiantes et étudiants de développer diverses compétences, notamment des méthodes analytiques et empiriques qui vont au-delà des outils traditionnels de la recherche juridique.
« Les étudiantes et étudiants ont participé activement à mes recherches et ont cosigné des articles évalués par des pairs, des chroniques largement diffusées et des billets de blogue, dans le but de développer des compétences sociojuridiques, mais aussi de faire entendre leur voix comme des contributions importantes aux débats sociaux plus larges », explique-t-elle.
Dans le cadre de leur engagement envers la transsystémie – soit l’enseignement simultané de plusieurs traditions juridiques et l’interdisciplinarité, Manikis et ses collègues ont proposé et créé un nouveau cours intitulé Criminal Justice / Justice pénale, pierre angulaire du programme renouvelé de la Faculté de droit mis en œuvre à partir de 2016.
L’ancien cours de droit criminel se concentrait sur la common law et sur une approche doctrinale traditionnelle du crime et de la responsabilité pénale. Le nouveau cours, le premier du genre au Canada, élargit cette perspective et répond également aux recommandations de la Commission de vérité et de réconciliation en examinant une diversité de systèmes conçus pour identifier, comprendre et répondre à une conception élargie du préjudice et de la responsabilité.
À titre de chargée de cours, Manikis présente le système de justice pénale comme le produit de l’histoire et des pouvoirs institutionnels, et analyse la manière dont le crime est compris et traité au sein de différentes traditions, notamment continentales et autochtones.
« J’espère que cette approche transsystémique de la justice pénale offrira à la prochaine génération d’étudiantes, d’enseignantes et d’enseignants, ainsi que de chercheuses et chercheurs, l’occasion d’un engagement plus profond avec les contextes sociaux et un éventail plus large de cadres analytiques pour comprendre et aborder ces enjeux complexes en tant que juristes accomplis et citoyennes et citoyens responsables. »
Examiner le rôle participatif des victimes dans le processus de justice pénale
Manikis prévoit de poursuivre ses travaux sur le rôle participatif des victimes dans le processus de justice pénale et de développer des modèles participatifs fondés sur des résultats empiriques et théoriques qui conçoivent les victimes comme des actrices de la responsabilisation et qui remettent en question les décisions de l’État et des institutions. À partir de cette perspective théorique, elle souhaite étendre ses analyses comparatives et empiriques du rôle des victimes au-delà de la common law.
Par ailleurs, Manikis entend poursuivre un vaste projet empirique portant sur les fonctions sociales de la détention provisoire, tant à l’échelle locale que comparative entre traditions juridiques. Ce projet mobilise des théories criminologiques et sociologiques de la peine et de la détermination de la peine pour analyser des données comprenant l’observation des audiences de mise en liberté sous caution, l’analyse de décisions judiciaires et de dossiers de cour.
« Je prévois d’examiner différentes conceptions de la victimisation et de la responsabilisation, de cartographier les diverses manières dont les victimes d’actes criminels peuvent et ont contesté l’État et diverses institutions, ainsi que de déconstruire certaines hypothèses qui sous-tendent les traditions de justice pénale », explique-t-elle.
Jianguo (Jeff) Xia
Faire progresser la métabolomique grâce à l’analyse des mégadonnées
« Je me sens chanceux et honoré de recevoir ce prix et cette reconnaissance », déclare le professeur Xia. « Mon domaine de recherche est assez atypique par rapport à celui de la plupart de mes collègues de la Faculté. Il arrive qu’on se sente quelque peu “marginalisé” à cet égard. Ce prix contribue certainement à corriger ce sentiment. Il signifie aussi beaucoup pour les membres de mon équipe, qui sont très fiers de travailler dans ce domaine. »
est titulaire d’une Chaire de recherche du Canada de niveau 2 en bio-informatique et analyse des mégadonnées.
Jeff Xia est professeur adjoint à l’Institut de parasitologie et au Département des sciences animales, titulaire d’une Chaire de recherche du Canada de niveau 2 en bio-informatique et analyse des mégadonnées, et directeur du laboratoire Xia.
« Les mégadonnées sont désormais omniprésentes dans la recherche biomédicale, agricole et environnementale », souligne-t-il.
Depuis son arrivĂ©e Ă şÚÁĎÍř±¬łÔąĎ en 2015, Xia a rapidement dĂ©veloppĂ© une prĂ©sence mondiale dans le domaine des sciences des mĂ©gadonnĂ©es. Ses recherches portent sur le dĂ©veloppement d’algorithmes, d’outils et de bases de donnĂ©es de pointe afin de faire progresser la mĂ©tabolomique, soit l’étude systĂ©matique des petites molĂ©cules dans un système biologique. Comprendre ces donnĂ©es et en maximiser la valeur pour amĂ©liorer la prise de dĂ©cision est devenu l’un des principaux obstacles dans de nombreuses disciplines. Son objectif est de mobiliser la bio-informatique, les statistiques et les donnĂ©es Ă grande Ă©chelle pour Ă©tudier les effets des facteurs biologiques, environnementaux et nutritionnels sur la santĂ© et les maladies chez les humains et les animaux.
Xia présente un parcours remarquable à un stade aussi précoce de sa carrière. Il a publié 59 articles scientifiques évalués par des pairs et sept chapitres d’ouvrages, totalisant plus de 12 000 citations. Il a reçu d’importants prix et subventions de recherche de Génome Canada, du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada et des National Institutes of Health.
Les mégadonnées et une nouvelle génération de recherche scientifique
En plus d’être un chercheur d’exception, Xia encadre actuellement huit étudiantes et étudiants aux cycles supérieurs productifs dans des projets multidisciplinaires et hautement collaboratifs. Son mentorat vise à former une nouvelle génération de scientifiques à l’aise tant avec la production de données qu’avec leur analyse.
« Au cours des prochaines années, la production massive de données et les technologies de l’information entraîneront des transformations fondamentales de nos activités de recherche », explique-t-il. « Mes travaux de recherche et de mentorat visent à faciliter cette transition et à accélérer les applications. »
En tant qu’enseignant actif à la Faculté des sciences de l’agriculture et de l’environnement, Xia est tout aussi enthousiaste à l’idée de partager ses connaissances avec ses étudiantes et étudiants. Comme la capacité d’analyser de grands ensembles de données est devenue une compétence essentielle en recherche biomédicale, agricole et environnementale, il a conçu et offert un nouveau cours intitulé Bio-informatique statistique au Département des sciences animales.
L’objectif de ce cours est d’introduire des concepts statistiques modernes et des compétences pratiques en programmation pour analyser les mégadonnées couramment générées dans les sciences de la vie. Les personnes inscrites sont principalement des étudiantes et étudiants de fin de premier cycle ou de première année de cycles supérieurs dont les projets de recherche impliquent la production de grandes quantités de données.
« Elles et ils sont très motivés à apprendre et désireux d’explorer différentes approches pour mieux comprendre leurs propres données », affirme Xia. « Après le cours, ils deviennent des expertes et experts “locaux” de l’analyse des données dans leurs laboratoires. Je crois que cette nouvelle génération de scientifiques deviendra la norme à l’avenir. »
Développer des outils logiciels pour la recherche en métabolomique
Xia est reconnu comme un pionnier des sciences des mégadonnées et du développement d’outils logiciels utilisés régulièrement par des milliers de chercheuses et chercheurs à l’échelle internationale. Il a d’abord créé la suite logicielle MetaboAnalyst comme projet parallèle afin d’aider les chercheurs à effectuer de manière autonome des analyses de données en métabolomique. Le principe fondamental de conception du logiciel est de donner aux utilisatrices et utilisateurs les moyens de mieux comprendre leurs données, tout en les formant aux méthodes analytiques.
La suite logicielle MetaboAnalyst a été utilisée environ deux millions de fois par 57 000 utilisatrices et utilisateurs entre janvier 2017 et 2018. Xia estime que le succès mondial du logiciel repose sur son interface transparente, flexible et conviviale.
« Nous avons également développé plusieurs autres suites d’outils performantes pour l’analyse de l’expression génique, des réseaux biologiques et des données du microbiome », explique-t-il. « Nous nous intéressons maintenant à l’intégration de différents types de mégadonnées générées par diverses technologies afin de révéler des motifs ou des connaissances à l’échelle des systèmes. »
*Les profils présentés sur cette page ont été rédigés en 2019.